南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、与接轨的目前江苏省一家三甲眼科专科非营利性医院，是江苏省公费医疗、新农合、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，是江苏医保和新农合省级转诊定点医院。为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，南京医科大学博士生培养点，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学实验室，南京市眼科医学专科，南京医科大学眼科学（眼视光学）校级学科。2012年8月27日，医院被评为国家临床专科建设项目单位。